Fue en 1232 cuando Ramón de Plegamans compró y regaló a Pedro Nolasco un trozo de playa junto al puerto, en la partida de los Códols. En 1235 ya se había construido una casa de caridad para los cautivos liberados, colocada bajo la advocación de Santa Eulalia. Ese mismo año la nueva orden es aprobada canónicamente por el Papa Gregorio IX.
En 1245, el Papa Inocencio IV concedió a este edificio el permiso para celebrar los oficios divinos y les otorga poder enterrar en el convento. En 1249 el obispo de Barcelona, Pere de Centelles, da permiso a los mercedarios para “levantar una iglesia dedicada a Santa María y tener cementerio, donde poder enterrar a los religiosos y domésticos y a los cófrades de la orden…”. Esta es la indicación más antigua referida a la construcción de una iglesia en el lugar donde ahora figura la Basílica.
La donación de Raimundo de Plegamans se quedó pequeña con el paso de los años y los frailes compraron trozos de la parcela del lado de la calle Oller. Al otro lado de la calle de la Mercè la propiedad llegaba hasta el mar, y esta parte se dedicó a huerto (entonces el mar comenzaba en el actual Paseo Colón). No se edificó en esta zona hasta bien entrado el siglo XV, pues conforme iba avanzando la construcción de la iglesia iba desmantelándose el convento de los frailes por lo que se hizo necesario edificar uno nuevo al lado mismo del mar. El rey concedió permiso para construir unos arcos que comunicaran el convento y la huerta con la iglesia.
La nueva iglesia, de estilo gótico, era sencilla. Al principio solo contaba con dos capillas: la de San Eloy y la de Santa Marina, situadas en la zona de la iglesia que actualmente da al carrer Ample. En la capilla de Santa Marina fue enterrada el 19 de septiembre de 1290 Santa María de Cervelló, cuyo cuerpo permanece incorrupto a día de hoy y es venerado por multitud de fieles. Cada 19 de septiembre es expuesto para tal fin. En 1380 el rey Pedro IV ofreció un sarcófago de plata y otro de madera policromada con motivo del traslado de sus restos desde su tumba en tierra al sarcófago ofrecido por el rey. La imagen de este sarcófago es la más antigua que tenemos de la santa y en ella aparece el retrato del rey que, arrodillado, venera sus restos incorruptos. Actualmente se conserva en el Museu Diocesà de Barcelona.
Volviendo a la iglesia, desde sus orígenes se dedicó a Santa María. El pueblo empezó poco a poco a llamarla Mare de Déu de la Mercè, por la labor de “merced” que realizaban los mercedarios. En esa época con el nombre de “merced” se denominaba a la redención de los cautivos: “fer mercè” equivale a liberar de la esclavitud; por lo tanto la iglesia del hospital de los frailes era conocida como la iglesia de la “merced”, y de ahí se pasó a llamar la iglesia de la “Mare de Déu de la Mercè”.
En 1335 se construyeron otras dos capillas, semejantes a las dos existentes, y a finales del siglo XIV se terminó la construcción de la torre. A mitad del siglo XV se construyeron las capillas de San Hipólito y Santa Úrsula, ya situadas en el lado del mar de la iglesia. La iglesia de aquel entonces medía 35 por 22 metros. La cubierta era de bóveda ojival y en las claves están labrados los misterios de nuestra Señora y las armas de los benefactores. En la fachada había “dos grandes puertas y su frontispicio es de bella labrada obra mosaica, y sobre la cual de dichas puertas está colocada una muy hermosa, alta y proporcionada imagen de María Santísima de la Merced”. La fachada era sobria, con rosetón austero y algunas molduras ornamentales. Delante de la fachada, en el ángulo con la calle Ample los frailes emplazaron a mediados del s. XV su pequeño cementerio que subsistió hasta principios del s. XIX. La imagen de la Virgen María que presidía el tímpano hasta el s. XVIII fue encontrada en unas excavaciones en 1942; hoy está situada en la capilla del Descenso.
Fue en 1361 cuando comenzó la construcción del retablo de este primera iglesia, a cargo del arquitecto Bernat Roca. El artista se comprometía a poner en el centro del mismo una imagen de la Virgen con dos linternas. La imagen anterior a la actual, que algunos identifican como la de la “mà a la cara” se conserva en el Museu Diocesà de Barcelona. La imagen actual mide 1,40m (siete palmos de la época) y se atribuye a Pere Moragues su elaboración al ser el escultor que colaboraba habitualmente con el arquitecto Roca. El estilo de la imagen coincide con el habitual de este escultor.
La imagen de la Virgen es policromada y su rostro, de gran sensibilidad, tiene facciones perfiladas. Lleva el cabello recogido en la nuca y la cabeza descubierta, seguramente para colocarle encima una corona metálica. El manto se cierra sobre el pecho con un broche de contorno cuadrado y tiene al Niño Jesús sentado sobre sus rodillas. La mayoría de expertos consideran que el Niño es algo posterior a la Virgen, aunque los pliegues sencillos y la forma de tratar las vestiduras, semejan tan góticos como los de la Virgen.
El retablo del altar mayor también contaba con imágenes de San Juan Evangelista, San Juan Bautista, San Ramón Nonato y San Pedro Armengol. En 1503 el pintor Antoni Marqués decoró el retablo.
En 1667, por voluntad del obispo de Barcelona, el mercedario Fr. Alonso Sotomayor, se construyó el camarín de la Virgen por lo que tuvo que derruirse el antiguo retablo gótico y la sillería del coro. En su lugar se construyó un retablo barroco en cuyo centro se abrió una gran ventana con la cámara angelical, a la que se podía ascender por escalera desde la sacristía para venerar y admirar de cerca la imagen de la Virgen. Algunos años después se construyó otra escalera para facilitar el besamanos en los días de aglomeración. Tras demoler otras dependencias se construyó, junto al camarín de la Virgen, un oratorio con una esbelta cúpula rematada por linterna por donde recibía la luz natural la estancia.
Dejando aparte la iglesia, en relación al convento fue en 1605 cuando el P. Antonio Simoni decidió construir uno nuevo cuyas obras finalizaron en 1636, siendo Fr. Dalmau Serra Maestro General de la Orden. Se decoró el puente que comunicaba la sacristía con la iglesia y se hizo el puente que comunicaba el convento con el coro. El claustro del convento fue obra de Jaume Granyer y tiene 26,40m de lado, con columnas de mármol oscuro.
Volviendo de nuevo a la iglesia, en el siglo XVIII los frailes se percataron de que se les había quedado pequeña. En el Capítulo General de 1764 se aprobó la construcción de una iglesia nueva. Su primera piedra fue colocada el 25 de abril de 1765 siendo director de obras el arquitecto Josep Mas. El refectorio del convento fue utilizado como iglesia interina mientras duraban las obras que se prolongaron por espacio de 10 años, concluyendo el 9 de septiembre de 1775.
El nuevo templo se edificó en el mismo lugar que el anterior y con la misma disposición, aunque se ensanchó por la parte del carrer Ample y se alargó por el lado del presbiterio. Actualmente su planta es de 45,70 por 20,36m.
Con motivo del derribo de la iglesia gótica, en octubre de 1767, se removieron los cimientos en busca del sepulcro de san Pedro Nolasco pero no se encontró. Posteriormente, en 1782 se hicieron otras excavaciones en la Baixada de la Canonja, donde se descubrieron unos restos pero sin identificación alguna.
Esta nueva iglesia es de estilo barroco ciclópeo de tendencia italiana. Vicenç Marro diseñó el nuevo altar que constaba de dos estatuas colocadas a ambos lados de San Pedro Nolasco y Santa María de Cervelló; en el centro la Virgen rodeada de ángeles y con dos cautivos a sus pies; en lo alto había el escudo de la Merced sostenido por dos ángeles, obra del escultor Pere Serra, y debajo una bella estatua de Santa Eulalia. Un baldaquino de mármol para la exposición del Santísimo completaba este altar. Todo fue inaugurado el 2 de agosto de 1794.
Con todo esto llegamos al siglo XIX, un siglo muy movido ya desde sus inicios con la Guerra del Francés (1808-1814), y nefasto para la Orden de la Merced en España. El convento permaneció ocupado: destinado a cárcel, cuartel de soldados franceses e italianos y depósito de intendencia.
En enero de 1814 se cerró la iglesia y desaparecieron las joyas que habían sido donadas a la Virgen, así como el trono de plata que la ciudad regaló a su Patrona. La imagen de la Virgen y el cuerpo incorrupto de Santa María de Cervelló salieron de la iglesia y se guardaron en la catedral para mayor seguridad, retornando a la iglesia de nuevo en 1817. Este mismo año se hizo una procesión a la catedral con la imagen por motivo de la sequía, y otra en 1821 con motivo del tifus.
En 1822, durante el Trienio Liberal (1820-1823), la comunidad fue suprimida y el convento cerrado de nuevo. De todos modos, la iglesia permaneció abierta como parroquia. El Ayuntamiento derribó los dos puentes que unían el convento con la iglesia, siendo reconstruidos en 1824, cuando los frailes retornaron a su convento.
En 1835, por un Real Decreto del 11 de octubre, las órdenes religiosas fueron suprimidas en España, con lo que los mercedarios dejaron de existir en este atribulado y convulso país hasta 1878, año de su regreso. Ya sin mercedarios, en 1869 la parroquia de San Miguel fue trasladada a la iglesia de la Merced, con lo que la iglesia parroquial fue denominada: “Parroquia de San Miguel y de la Mare de Déu de la Mercè”. Su puerta renacentista del s. XVI fue desmontada y reconstruida entre 1871 y 1872 en el carrer Ample, dando acceso a la basílica por el lateral.
El convento tuvo diferentes usos: oficina de impuestos, cuartel de un batallón de la Milicia Nacional, sede de un regimiento de infantería, casino militar,… Finalmente, el 29 de agosto de 1845 el nuevo Capitán General, Manuel Bretón, convirtió el edificio en Capitanía General de Cataluña. El edificio fue inaugurado como tal el 10 de octubre de 1846.
Volviendo de nuevo a la iglesia, en el año 1883 se construyó la cúpula sobre el crucero del templo, obra de Joan Martorell. También en 1883 murió el obispo de Barcelona José Urquinaona y Bidot y su tumba fue instalada en el presbiterio de la Merced, en un sarcófago de mármol sobre dos columnas en torno de la puerta de la escalera del camarín. Encima se colocó, en 1885, la escultura del obispo, de Agapito Vallmitjana.
Con ocasión de la Exposición Mundial de Barcelona de 1888, se terminó la cúpula y se coronó con una majestuosa imagen en bronce de la Virgen extendiendo su cetro sobre la ciudad, obra de Maximí Solà. Ese mismo año la imagen de la Virgen fue coronada canónicamente en la catedral de Barcelona por el obispo Jaume Català. En la sala contigua al camarín de la Virgen se instaló un relieve de mármol que representa el “Descenso de la Virgen ante San Pedro Nolasco”, obra de Josep Llimona, relieve que dio nombre a la capilla hasta ahora.
Con motivo del 700 aniversario de la fundación de la Orden de la Merced, la basílica fue constituía Basílica menor en 1918, y a la Virgen se le regaló el cetro del Ayuntamiento como Patrona de la Ciudad.
Y, con estos vaivenes tan característicos de nuestra historia, llegamos a 1936. En julio tuvo lugar el alzamiento que dio origen a la guerra civil. Ese mismo mes la basílica fue incendiada. Aunque los bomberos acudieron, tan sólo se ocuparon de que el fuego no alcanzara a los edificios colindantes. Gracias a la intervención de algunos valientes feligreses, la imagen de la Virgen y el cuerpo de Santa María de Cervelló se salvaron y han podido llegar íntegros hasta nuestros días. La imagen de bronce que coronaba la cúpula fue fundida para uso militar. Todo lo que pasó en la iglesia de la Merced lo describió, punto por punto, mosén José Sanabre, archivero de la diócesis de Barcelona: “La tarde del 19 de julio la chusma frenética invadió el edificio de Capitanía General y, acto seguido, se dirigió a la iglesia de la Merced exigiendo su destrucción. No fue hasta el día siguiente que, acompañados de la fuerza pública, pudieron penetrar en el templo después de disparar numerosas balas de fusil contra la fachada. Acto seguido prendieron fuego en el interior de la iglesia de manera que se quemaron las pinturas de la bóveda mayor, se ahumaron los frescos la de la cúpula. Las tribunas de madera, el órgano y todas las imágenes de los altares laterales quedaron destruidas. Los bomberos velaron para que el fuego sólo quemara la iglesia y no pasara a las viviendas cercanas. El fuego fue avivado de nuevo en varias ocasiones los días posteriores”.
La imagen de talla de la Virgen fue lanzada desde el camarín sobre el Sagrario del altar mayor y, días después, otros revolucionarios la tumbaron en el suelo frente al altar.
El padre Luis Pelegrí Nicolás, beneficiado de la iglesia y martirizado por esta razón el 29 de marzo de 1937, se propuso rescatar la imagen gótica. Después de enterarse de cómo había quedado la imagen pidió ayuda a una familia de la parroquia bien relacionada con el Consejero de Gobernación de la Generalitat de Cataluña, don José María España Sirat. A las cuatro de la tarde del 27 de julio salieron de la Consejería de Gobernación tres agentes de la confianza del Consejero, junto con dos carabineros, dos guardias de asalto y dos guardias civiles. Se les unió la señorita Teresa Coll, que había gestionado la operación con el Consejero. El grupo, en una camioneta, se desplazó a la Merced con el pretexto de recuperar la caja fuerte con las joyas de la Virgen y que los asaltantes no habían localizado porque estaba en un muro del camarín. Vaciada la caja bajaron al presbiterio y, al pasar por delante de la imagen caída frente al altar, la Srta. Coll sugirió que también podrían llevarse aquel objeto de arte.
Los componentes del grupo se quedaron sorprendidos ante la insólita propuesta pero uno de los agentes que había sido instruido por el Consejero y el cerrajero que abrió la caja fuerte apoyaron la idea y, por fin, la imagen que fue depositada en la furgoneta y tapada con una sábana que, intencionadamente, tenía la Srta. Coll. Fueron entonces a Capitanía donde tenían que recoger otra caja de caudales que había estado en la rectoría. Una vez en el patio central, fuera de la curiosidad pública bajaron de la camioneta la imagen de la Virgen y la escondieron dentro de un cuarto debajo de la gran escalera donde estaban los utensilios de limpieza y donde también se habían depositado los restos mortales de Santa María de Cervelló.
El conserje de Capitanía cuidó los sagrados objetos a lo largo de dos meses. El 28 de septiembre de 1936 el Director del Servicio de Museos de la Generalitat ordenó el traslado de la imagen y del sarcófago de Santa María de Cervelló al Museo del Palacio Nacional de Montjuïc donde restauraron ambas piezas. Después del traslado, el cuerpo de Santa María de Cervelló quedó abandonado en Capitanía. Lo recogió el arquitecto Josep Francesc Ràfols Fontanals (1889-1965), entonces incorporado al Servicio de Guardamuebles de la Generalidad y lo tuvo escondido en su casa hasta 1939 e incluso sirvió como altar y se celebró misa encima del cuerpo de la santa, clandestinamente, varias veces. El Consejero España tuvo que exiliarse el 23 de octubre de 1936 ya que su vida corría peligro por haber protegido a religiosos y objetos de culto.
La iglesia de la Merced quedó abandonada, presentando un aspecto desolador, totalmente destruida la sala del Descendimiento, junto al camarín, donde ardieron los cuadros del sueño de San José y la plaga de la langosta. Los arcángeles de la puerta de San Miguel fueron igualmente destrozados así como las imágenes de San Joaquín y Santa Ana de Ramón Amadeu, San Hipólito y San Antonio del altar de San José Oriol, los arcángeles de Salvador Gurri de la capilla del Santísimo y, en el altar de Santa María de Cervelló, las imágenes de San Antonio de Pere Serra, Santa Isabel de Enrique Clarassó y San Pedro Nolasco de Amadeu.
Al terminar la guerra, entre 1940 y 1976, la basílica experimentó un rápido proceso de restauración. Nada más terminar la guerra los Capitanes Generales del Ejército (Álvarez Arenas, Orgaz, Kindelán,…) pusieron a disposición de la parroquia el batallón del arma de Ingenieros. Las sucesivas obras de reconstrucción fueron sufragadas en gran medida por entidades privadas. Entre 1939 y 1947 se rehízo el pavimento de la nave, los altares laterales, las sacristías y la capilla del Santísimo. Entre 1948 y 1955, se trabajó en el camarín y en la sala del Descendimiento. En 1959 se colocó la nueva imagen de la Virgen en lo alto de la cúpula, ya que la anterior fue derribada y fundida al inicio de la guerra civil. Es obra de los hermanos Miguel (1879 a 1959) y Luciano (1880-1951) Oslé Sáenz de Medrano, de bronce y hecha en una fundición de Valls.
Francisco Folguera dibujó las puertas de la sacristía y del camarín. En las pechinas de la cúpula y en los arcos del presbiterio hay pinturas al fresco de José Obiols Palau (1894-1967). Pallàs dirigió la restauración de la puerta de San Miguel y Luis Bonet hizo la escalera del camarín en 1972, en el mismo año en que Pablo Macià Pons hizo las pinturas decorativas del intradós de la bóveda de la nave. Oriol Sunyer Gaspar (1923-1990) hizo el nuevo trono de plata de la Virgen.
Aunque se respetó el estilo barroco original de la basílica, algunas cosas hubo que hacer nuevas: las pinturas interiores, molduras,… La casi totalidad de esculturas de las capillas laterales fueron elaboradas por el escultor barcelonés Claudi Rius. El altar mayor fue proyectado en 1959 por el arquitecto Francesc Folguera, siendo el presbiterio forrado de mármoles de diferentes colores. Una nueva imagen en bronce, más grande que la anterior y de unas 5 toneladas, fue colocada sobre la cúpula de la basílica en 1959.
En 1963 se celebra el LXXV aniversario de la coronación canónica de la Virgen y se estrenó el nuevo trono de plata. El 26 de julio de 1964 el obispo de Barcelona doctor Gregorio Modrego Casáus estableció la Hermandad de la Virgen de la Merced, y en el curso de mismo año se quitaron las vestiduras de la imagen, para poder ser contemplada tal como la esculpió en el siglo XIV Pedro Moragas. El 22 de febrero de 1976 visitaron la Basílica los Reyes de España.
En la plaza, en febrero de 1983, se instaló la fuente de Neptuno inaugurada el 24 de abril de 1826 en el muelle de Pescadores del puerto. Es obra de Adrián Ferran Vallés (1774-1840). La parte escultórica de la fuente es de Celedonio Guixà.
En 1992 quedó restaurado el antiguo palacio Girona, frente a la iglesia, destinado a Registro Civil. Durante 1990 y 1991 se procedió a la refracción del pavimento de la iglesia y a la limpieza de la fachada principal bajo la dirección del arquitecto Jorge Bonet Armengol.
Como guinda de todo este proceso de restauración, el 21,22 y 23 de septiembre de 2018 fue inaugurado el nuevo órgano de la Basílica en un maravilloso festival que tuvo como intérpretes a Maria Nacy, Montserrat Torrent y al organista francés Thomas Ospital. Fue bendecido en noviembre por el Sr. Cardenal D. Juan José Omella Omella, siendo el organista de la ceremonia D. Héctor Paris. El órgano fue construido por el célebre maestro organero alemán D. Gérard Grenzing.
A modo de conclusión, los mercedarios regresaron en 2018 a la basílica para su cuidado pastoral a petición del Excmo. Cardenal D. Juan José Omella, con motivo del octavo centenario de la Fundación de la Orden de la Merced. Su actual rector es el P. Fermín Delgado Ramírez.